5元扣除職工手續費后的會計分錄如下：

銀行存款：5000元

應付員工工資：4995元

現金：5元

入門原則是先存銀行，我們公司會給員工5000元，所以用銀行存款來表示應付工資；然后支付員工工資，實際發生4995元；最后是現金，銀行向我們公司收取5元手續費時，我們實際支付給員工的錢是4995元，所以我們用的是現金，金額是5元。

拓展知識：收付轉賬匯總分錄是一種常見的會計分錄，主要用于檢查多筆收付轉賬的總金額是否正確，以保證賬目的準確性。收款、付款和轉賬匯總分錄通常涉及供應商和客戶的多張發票和單據。當所有的賬都收齊了，收支總額要平衡。如有差異，盡可能找出賬間錯誤，處理后核對。