《關(guān)于國內(nèi)旅客運(yùn)輸服務(wù)進(jìn)項(xiàng)稅抵扣等增值稅征管問題的公告》(公告2019年第31號)規(guī)定，從事國內(nèi)客運(yùn)服務(wù)的旅客，限于與本單位簽訂勞動合同的從業(yè)人員，以及被用人單位接受的派遣從業(yè)人員從事的國內(nèi)客運(yùn)服務(wù)。

實(shí)踐中，員工與分公司簽訂勞動合同，工資在分公司發(fā)放，員工的國內(nèi)客運(yùn)服務(wù)能否在總公司抵扣增值稅？

一是分支機(jī)構(gòu)就地繳納增值稅。

《人民共和國增值稅暫行條例》(國務(wù)院令第134號)規(guī)定，總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)不在同一縣(市)的，應(yīng)當(dāng)分別向當(dāng)?shù)刂鞴芏悇?wù)機(jī)關(guān)申報(bào)納稅；經(jīng)其授權(quán)的稅務(wù)機(jī)關(guān)批準(zhǔn)，總機(jī)構(gòu)可以向總機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)匯總申報(bào)納稅。

與企業(yè)所得稅不同，分支機(jī)構(gòu)是增值稅的獨(dú)立納稅人。分支機(jī)構(gòu)在當(dāng)?shù)乩U納增值稅的，只能根據(jù)其銷售額和可抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額計(jì)算分支機(jī)構(gòu)應(yīng)繳納的增值稅。分支機(jī)構(gòu)當(dāng)期進(jìn)項(xiàng)稅額大于銷項(xiàng)稅額的，其差額不能從總機(jī)構(gòu)當(dāng)期應(yīng)繳納的增值稅中抵扣。

因此，在分公司就地繳納增值稅的情況下，分公司員工提供的國內(nèi)客運(yùn)服務(wù)不能在總公司抵扣增值稅。

二、分支機(jī)構(gòu)不當(dāng)場繳納增值稅。

(一)總公司不在同一縣、市，而是在同一地區(qū)。

總公司不在同一個縣市，而是在同一個省，總公司的增值稅如何繳納？

《財(cái)政部 關(guān)于固定業(yè)戶總分支機(jī)構(gòu)增值稅匯總納稅有關(guān)政策的通知》稅〔2012〕9號)規(guī)定，固定業(yè)戶總支機(jī)構(gòu)不在同一縣(市)而在同一省(區(qū)、市)內(nèi)的，經(jīng)省(區(qū)、市政廳(局)、國家稅務(wù)局批準(zhǔn)，可以由總機(jī)構(gòu)向總機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)繳納增值稅。

同一地區(qū)的總機(jī)構(gòu)已經(jīng)審批的，由總機(jī)構(gòu)向總機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)繳納增值稅，分支機(jī)構(gòu)無需當(dāng)場繳納增值稅。總公司申報(bào)的銷項(xiàng)稅額實(shí)際上是總公司對外銷售總額對應(yīng)的銷項(xiàng)稅額，可抵扣的進(jìn)項(xiàng)稅額實(shí)際上是總公司共同發(fā)生的符合政策要求的對外采購總額對應(yīng)的進(jìn)項(xiàng)稅額。

因此，如果總公司在同一地區(qū)，總公司向總公司所在地申報(bào)繳納增值稅，分公司員工的國內(nèi)客運(yùn)服務(wù)可以在總公司抵扣。

(二)總公司不在同一地區(qū)。

總部不在同一地區(qū)。一般情況下，增值稅由總公司在當(dāng)?shù)乩U納。但情況并非絕對如此，有以下例外。

1.總行負(fù)責(zé)開戶、收款和開具發(fā)票。

根據(jù)《關(guān)于納稅人以資金結(jié)算網(wǎng)絡(luò)方式收取貨款增值稅納稅地點(diǎn)問題的通知》的規(guī)定，納稅人以總公司的名義在各地開立賬戶，通過資金結(jié)算網(wǎng)絡(luò)向各地購貨方收取銷售款，總公司直接向購貨方開具發(fā)票，不屬于《關(guān)于企業(yè)所屬機(jī)構(gòu)間移送貨物征收增值稅問題的通知》(國稅發(fā)〔1998〕137號)規(guī)定的收款機(jī)構(gòu)向購貨方開具發(fā)票并向購貨方收取貨款的兩種情形之一，取得的應(yīng)納稅所得額應(yīng)在總公司所在地繳納增值稅。

根據(jù)上述規(guī)定，總公司符合上述條件，所有收入均應(yīng)在總公司所在地繳納增值稅。相應(yīng)的，分公司發(fā)生的各種費(fèi)用對應(yīng)的進(jìn)項(xiàng)稅也要從總公司扣除。

因此，在這種情況下，與總公司收入相匹配的進(jìn)項(xiàng)稅額(包括分公司員工國內(nèi)客運(yùn)服務(wù)對應(yīng)的進(jìn)項(xiàng)稅額)可以在總公司抵扣。

2.分公司屬于產(chǎn)品售后服務(wù)中心，內(nèi)部研發(fā)amp; ampd中心、倉儲中心等。不具備主要生產(chǎn)經(jīng)營功能，不需要在當(dāng)?shù)乩U納增值稅。

這種情況在實(shí)踐中也很常見。為了節(jié)約成本，公司設(shè)立產(chǎn)品售后服務(wù)中心，

這種情況下，這種分支機(jī)構(gòu)只是成本中心，沒有收入，不需要在當(dāng)?shù)乩U納增值稅。與總公司收入相匹配的進(jìn)項(xiàng)稅(包括分公司員工國內(nèi)客運(yùn)服務(wù)對應(yīng)的進(jìn)項(xiàng)稅)也可以在總公司抵扣。